W 2020 roku na fikcyjnych Wyspach Lingshan, leżących na Morzu Południowochińskim, archeolodzy amerykańscy odkrywają enigmatyczny statek nie z tego świata obcej cywilizacji. Okazuje się, że machina rozbiła się w tym miejscu 2 miliony lat temu. Zimne góry plus kolejne fale zmian klimatu zamroziły szczątki po katastrofie, w charakterze również kosmitów, którzy znajdowali się na pokładzie. Oprócz statku obcych, całe pasek górskie skrywa w środku sobie obcą kosmiczną cywilizację znajdującą się pod życiu.
Gracz wciela się w środku Jake'a Dunna (pseudonim Nomad), członka specjalnego oddziału sił amerykańskich Delta Force, którego celem jest ślad archeologów z rąk północnokoreańskich żołnierzy. Już po wylądowaniu okazuje się jednak, że nadto armii północokoreańskiej na wyspach jest ważna persona jeszcze.
Twórcy zapowiadają, że skrzyżowanie całej gry zajmie graczowi przynajmniej 10 godzin na normalnym poziomie trudności, pod atakowaniu wroga bez skradania się plus zakładania pułapek. Używając innych taktyk, na podniesionym poziomie trudności, pora gry wydłuży się może do 20 godzin. Gracz, który będzie chciał zawrzeć znajomość nieuszkodzony kula ziemska gry, będzie używał taktyk skradania również ukrywania się, zaś podobnie zastawiania pułapek, poniżej najwyższym poziomie trudności, spędzi poniżej Crysis minimum 25 godzin[3]. Fabuła składa się z 11 misji podzielonych na trzy główne etapy gry.
W pierwszym etapie gracz walczy z żołnierzami armii Korei Północnej, która wewnątrz 2020 roku jest jednym z najsilniejszych państw na świecie. W drugim etapie działania skupiają się na walce z obcymi, którzy rozpoczęli kolonizację Ziemi. Rozgrywka na tym etapie gry koleje życia się w ciągu statku kosmitów, do wnętrza przestrzeni pozbawionej grawitacji. W trzecim etapie, papier wartościowy do tej pory toczy się na archipelagu wysp, jednakże wprzódy skutym lodem, dlatego że zewnętrzny mogą żyć tylko wewnątrz zimowych temperaturach. Ważną częścią tego etapu jest finałowa rozmiary gry, będąca obroną lotniskowca US Navy USS Ashcroft (będącym ponadto środek dowodzenia oraz logistycznym oddziału Delta Force) zanim atakiem obcych. Podczas ostatecznej walki z obcymi siły Stany Zjednoczone używają przeciwko przed broni atomowej, zaś obca obszar kulturowy wysyła do walki największego praca wielkości wulkanu. Kosmici zostają pokonani jakkolwiek jest to pyrrusowe zwycięstwo, bo cała flotylla wojenna marynarki Stany biorąca współpraca do wnętrza walkach została całkiem zniszczona.
Historia przedstawiona w środku grze nie kończy się wewnątrz niej, jej oddalony szereg zostanie przedstawiony w środku 2 kolejnych częściach serii (Crysis Wars plus World in Crysis). Część druga serii Crysis zryw zbyt 3 lata[4].